知識(shí)圖譜入門：使用Python創(chuàng)建知識(shí)圖，分析并訓(xùn)練嵌入模型
本文中我們將解釋如何構(gòu)建KG、分析它以及創(chuàng)建嵌入模型。
構(gòu)建知識(shí)圖譜
加載我們的數(shù)據(jù)。在本文中我們將從頭創(chuàng)建一個(gè)簡(jiǎn)單的KG。
import pandas as pd
# Define the heads, relations, and tails
head = ['drugA', 'drugB', 'drugC', 'drugD', 'drugA', 'drugC', 'drugD', 'drugE', 'gene1', 'gene2','gene3', 'gene4', 'gene50', 'gene2', 'gene3', 'gene4']
relation = ['treats', 'treats', 'treats', 'treats', 'inhibits', 'inhibits', 'inhibits', 'inhibits', 'associated', 'associated', 'associated', 'associated', 'associated', 'interacts', 'interacts', 'interacts']
tail = ['fever', 'hepatitis', 'bleeding', 'pain', 'gene1', 'gene2', 'gene4', 'gene20', 'obesity', 'heart_attack', 'hepatitis', 'bleeding', 'cancer', 'gene1', 'gene20', 'gene50']
# Create a dataframe
df = pd.DataFrame({'head': head, 'relation': relation, 'tail': tail})
df
接下來，創(chuàng)建一個(gè)NetworkX圖(G)來表示KG。DataFrame (df)中的每一行都對(duì)應(yīng)于KG中的三元組(頭、關(guān)系、尾)。add_edge函數(shù)在頭部和尾部實(shí)體之間添加邊，關(guān)系作為標(biāo)簽。
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
# Create a knowledge graph
G = nx.Graph()
for _, row in df.iterrows():
G.add_edge(row['head'], row['tail'], label=row['relation'])然后，繪制節(jié)點(diǎn)(實(shí)體)和邊(關(guān)系)以及它們的標(biāo)簽。
# Visualize the knowledge graph
pos = nx.spring_layout(G, seed=42, k=0.9)
labels = nx.get_edge_attributes(G, 'label')
plt.figure(figsize=(12, 10))
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=700, node_color='lightblue', edge_color='gray', alpha=0.6)
nx.draw_networkx_edge_labels(G, pos, edge_labels=labels, font_size=8, label_pos=0.3, verticalalignment='baseline')
plt.title('Knowledge Graph')
plt.show()
現(xiàn)在我們可以進(jìn)行一些分析。
分析
對(duì)于KG，我們可以做的第一件事是查看它有多少個(gè)節(jié)點(diǎn)和邊，并分析它們之間的關(guān)系。
num_nodes = G.number_of_nodes()
num_edges = G.number_of_edges()
print(f'Number of nodes: {num_nodes}')
print(f'Number of edges: {num_edges}')
print(f'Ratio edges to nodes: {round(num_edges / num_nodes, 2)}')
1、節(jié)點(diǎn)中心性分析
節(jié)點(diǎn)中心性度量圖中節(jié)點(diǎn)的重要性或影響。它有助于識(shí)別圖結(jié)構(gòu)的中心節(jié)點(diǎn)。一些最常見的中心性度量是:
Degree centrality 計(jì)算節(jié)點(diǎn)上關(guān)聯(lián)的邊的數(shù)量。中心性越高的節(jié)點(diǎn)連接越緊密。
degree_centrality = nx.degree_centrality(G)
for node, centrality in degree_centrality.items():
print(f'{node}: Degree Centrality = {centrality:.2f}')
Betweenness centrality 衡量一個(gè)節(jié)點(diǎn)位于其他節(jié)點(diǎn)之間最短路徑上的頻率，或者說衡量一個(gè)節(jié)點(diǎn)對(duì)其他節(jié)點(diǎn)之間信息流的影響。具有高中間性的節(jié)點(diǎn)可以作為圖的不同部分之間的橋梁。
betweenness_centrality = nx.betweenness_centrality(G)
for node, centrality in betweenness_centrality.items():
print(f'Betweenness Centrality of {node}: {centrality:.2f}')
Closeness centrality 量化一個(gè)節(jié)點(diǎn)到達(dá)圖中所有其他節(jié)點(diǎn)的速度。具有較高接近中心性的節(jié)點(diǎn)被認(rèn)為更具中心性，因?yàn)樗鼈兛梢愿行У嘏c其他節(jié)點(diǎn)進(jìn)行通信。
closeness_centrality = nx.closeness_centrality(G)
for node, centrality in closeness_centrality.items():
print(f'Closeness Centrality of {node}: {centrality:.2f}')
可視化
# Calculate centrality measures
degree_centrality = nx.degree_centrality(G)
betweenness_centrality = nx.betweenness_centrality(G)
closeness_centrality = nx.closeness_centrality(G)
# Visualize centrality measures
plt.figure(figsize=(15, 10))
# Degree centrality
plt.subplot(131)
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=[v * 3000 for v in degree_centrality.values()], node_color=list(degree_centrality.values()), cmap=plt.cm.Blues, edge_color='gray', alpha=0.6)
plt.title('Degree Centrality')
# Betweenness centrality
plt.subplot(132)
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=[v * 3000 for v in betweenness_centrality.values()], node_color=list(betweenness_centrality.values()), cmap=plt.cm.Oranges, edge_color='gray', alpha=0.6)
plt.title('Betweenness Centrality')
# Closeness centrality
plt.subplot(133)
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=[v * 3000 for v in closeness_centrality.values()], node_color=list(closeness_centrality.values()), cmap=plt.cm.Greens, edge_color='gray', alpha=0.6)
plt.title('Closeness Centrality')
plt.tight_layout()
plt.show()
2、最短路徑分析
最短路徑分析的重點(diǎn)是尋找圖中兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間的最短路徑。這可以幫助理解不同實(shí)體之間的連通性，以及連接它們所需的最小關(guān)系數(shù)量。例如，假設(shè)你想找到節(jié)點(diǎn)“gene2”和“cancer”之間的最短路徑:
source_node = 'gene2'
target_node = 'cancer'
# Find the shortest path
shortest_path = nx.shortest_path(G, source=source_node, target=target_node)
# Visualize the shortest path
plt.figure(figsize=(10, 8))
path_edges = [(shortest_path[i], shortest_path[i + 1]) for i in range(len(shortest_path) — 1)]
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=700, node_color='lightblue', edge_color='gray', alpha=0.6)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=path_edges, edge_color='red', width=2)
plt.title(f'Shortest Path from {source_node} to {target_node}')
plt.show()
print('Shortest Path:', shortest_path)
源節(jié)點(diǎn)“gene2”和目標(biāo)節(jié)點(diǎn)“cancer”之間的最短路徑用紅色突出顯示，整個(gè)圖的節(jié)點(diǎn)和邊緣也被顯示出來。這可以幫助理解兩個(gè)實(shí)體之間最直接的路徑以及該路徑上的關(guān)系。
圖嵌入
圖嵌入是連續(xù)向量空間中圖中節(jié)點(diǎn)或邊的數(shù)學(xué)表示。這些嵌入捕獲圖的結(jié)構(gòu)和關(guān)系信息，允許我們執(zhí)行各種分析，例如節(jié)點(diǎn)相似性計(jì)算和在低維空間中的可視化。
我們將使用node2vec算法，該算法通過在圖上執(zhí)行隨機(jī)游走并優(yōu)化以保留節(jié)點(diǎn)的局部鄰域結(jié)構(gòu)來學(xué)習(xí)嵌入。
from node2vec import Node2Vec
# Generate node embeddings using node2vec
node2vec = Node2Vec(G, dimensinotallow=64, walk_length=30, num_walks=200, workers=4) # You can adjust these parameters
model = node2vec.fit(window=10, min_count=1, batch_words=4) # Training the model
# Visualize node embeddings using t-SNE
from sklearn.manifold import TSNE
import numpy as np
# Get embeddings for all nodes
embeddings = np.array([model.wv[node] for node in G.nodes()])
# Reduce dimensionality using t-SNE
tsne = TSNE(n_compnotallow=2, perplexity=10, n_iter=400)
embeddings_2d = tsne.fit_transform(embeddings)
# Visualize embeddings in 2D space with node labels
plt.figure(figsize=(12, 10))
plt.scatter(embeddings_2d[:, 0], embeddings_2d[:, 1], c='blue', alpha=0.7)
# Add node labels
for i, node in enumerate(G.nodes()):
plt.text(embeddings_2d[i, 0], embeddings_2d[i, 1], node, fnotallow=8)
plt.title('Node Embeddings Visualization')
plt.show()
node2vec算法用于學(xué)習(xí)KG中節(jié)點(diǎn)的64維嵌入。然后使用t-SNE將嵌入減少到2維。并將結(jié)果以散點(diǎn)圖方式進(jìn)行可視化。不相連的子圖是可以在矢量化空間中單獨(dú)表示的
聚類
聚類是一種尋找具有相似特征的觀察組的技術(shù)。因?yàn)槭菬o監(jiān)督算法，所以不必特別告訴算法如何對(duì)這些觀察進(jìn)行分組，算法會(huì)根據(jù)數(shù)據(jù)自行判斷一組中的觀測(cè)值(或數(shù)據(jù)點(diǎn))比另一組中的其他觀測(cè)值更相似。
1、K-means
K-means使用迭代細(xì)化方法根據(jù)用戶定義的聚類數(shù)量(由變量K表示)和數(shù)據(jù)集生成最終聚類。
我們可以對(duì)嵌入空間進(jìn)行K-means聚類。這樣可以清楚地了解算法是如何基于嵌入對(duì)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行聚類的:
# Perform K-Means clustering on node embeddings
num_clusters = 3 # Adjust the number of clusters
kmeans = KMeans(n_clusters=num_clusters, random_state=42)
cluster_labels = kmeans.fit_predict(embeddings)
# Visualize K-Means clustering in the embedding space with node labels
plt.figure(figsize=(12, 10))
plt.scatter(embeddings_2d[:, 0], embeddings_2d[:, 1], c=cluster_labels, cmap=plt.cm.Set1, alpha=0.7)
# Add node labels
for i, node in enumerate(G.nodes()):
plt.text(embeddings_2d[i, 0], embeddings_2d[i, 1], node, fnotallow=8)
plt.title('K-Means Clustering in Embedding Space with Node Labels')
plt.colorbar(label=”Cluster Label”)
plt.show()
每種顏色代表一個(gè)不同的簇?，F(xiàn)在我們回到原始圖，在原始空間中解釋這些信息:
from sklearn.cluster import KMeans
# Perform K-Means clustering on node embeddings
num_clusters = 3 # Adjust the number of clusters
kmeans = KMeans(n_clusters=num_clusters, random_state=42)
cluster_labels = kmeans.fit_predict(embeddings)
# Visualize clusters
plt.figure(figsize=(12, 10))
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=700, node_color=cluster_labels, cmap=plt.cm.Set1, edge_color=’gray’, alpha=0.6)
plt.title('Graph Clustering using K-Means')
plt.show()
2、DBSCAN
DBSCAN是基于密度的聚類算法，并且不需要預(yù)設(shè)數(shù)量的聚類。它還可以將異常值識(shí)別為噪聲。下面是如何使用DBSCAN算法進(jìn)行圖聚類的示例，重點(diǎn)是基于從node2vec算法獲得的嵌入對(duì)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行聚類。
from sklearn.cluster import DBSCAN
# Perform DBSCAN clustering on node embeddings
dbscan = DBSCAN(eps=1.0, min_samples=2) # Adjust eps and min_samples
cluster_labels = dbscan.fit_predict(embeddings)
# Visualize clusters
plt.figure(figsize=(12, 10))
nx.draw(G, pos, with_labels=True, font_size=10, node_size=700, node_color=cluster_labels, cmap=plt.cm.Set1, edge_color='gray', alpha=0.6)
plt.title('Graph Clustering using DBSCAN')
plt.show()
上面的eps參數(shù)定義了兩個(gè)樣本之間的最大距離，，min_samples參數(shù)確定了一個(gè)被認(rèn)為是核心點(diǎn)的鄰域內(nèi)的最小樣本數(shù)?？梢钥吹紻BSCAN將節(jié)點(diǎn)分配到簇，并識(shí)別不屬于任何簇的噪聲點(diǎn)。
總結(jié)
分析KGs可以為實(shí)體之間的復(fù)雜關(guān)系和交互提供寶貴的見解。通過結(jié)合數(shù)據(jù)預(yù)處理、分析技術(shù)、嵌入和聚類分析，可以發(fā)現(xiàn)隱藏的模式，并更深入地了解底層數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。
本文中的方法可以有效地可視化和探索KGs，是知識(shí)圖譜學(xué)習(xí)中的必要的入門知識(shí)。
